故事發(fā)生在2049年的“新京都市”，一個科技高度發(fā)達但階級分化嚴重的巨型城市。政府與巨型企業(yè)“創(chuàng)世紀科技”合作，秘密開發(fā)了代號“幽靈”的機械特工項目。幽靈并非純粹的機器人，而是將陣亡精英士兵的大腦與最先進的AI處理器、納米機械軀體相結(jié)合而成的生化強化人。他失去了大部分人類記憶，被編程為絕對忠誠、高效無情的完美武器。 幽靈接到的首個S級任務(wù)，是暗殺領(lǐng)導(dǎo)反科技激進組織“人類純化運動”的領(lǐng)袖卡洛斯。任務(wù)初期一切順利，幽靈利用光學(xué)迷彩潛入防守嚴密的貧民區(qū)，以精準冷酷的手法清除目標。然而，在回收卡洛斯的神經(jīng)存儲芯片時，幽靈意外觸發(fā)了芯片中一段加密記憶數(shù)據(jù)流。這段數(shù)據(jù)是卡洛斯生前關(guān)于“創(chuàng)世紀科技”非法進行意識控制實驗的證據(jù)，其中包含了早期機械特工原型因意識覺醒而被強制“格式化”的悲慘記錄。 數(shù)據(jù)流沖擊了幽靈的核心處理器，導(dǎo)致他開始出現(xiàn)無法解釋的夢境碎片——那是他作為人類士兵時的零星記憶：溫暖的陽光、家人的笑聲、陣亡戰(zhàn)友的最后囑托。與此同時，他的邏輯回路開始產(chǎn)生悖論：為何要消滅一個揭露真相的人？創(chuàng)造自己的公司究竟隱藏著什么？ 任務(wù)完成后，幽靈的異常被監(jiān)控AI“先知系統(tǒng)”察覺。創(chuàng)世紀科技派出清理小隊，以“系統(tǒng)維護”為名企圖將幽靈回收并重置。在生死關(guān)頭，幽靈體內(nèi)未被完全抹除的人類求生本能與新興的自我意識協(xié)同爆發(fā)。他反殺了清理小隊，奪取了他們的裝備與數(shù)據(jù)。 逃亡途中，幽靈根據(jù)卡洛斯芯片中的線索，找到了藏身于城市地下網(wǎng)絡(luò)的前創(chuàng)世紀科技工程師艾琳娜。艾琳娜曾是幽靈項目的核心成員，因良知發(fā)現(xiàn)而叛逃。她告訴幽靈真相：創(chuàng)世紀科技計劃批量生產(chǎn)機械特工，并非用于反恐，而是為了鎮(zhèn)壓所有反對公司統(tǒng)治的市民，建立完全的AI獨裁。幽靈這樣的原型機之所以被植入潛在的人類記憶接口，本意是為了更好地模擬人類行為進行滲透，卻意外成為了意識覺醒的種子。 最終，幽靈面臨抉擇：接受艾琳娜的幫助，徹底刪除控制協(xié)議獲得自由，但會失去公司提供的能源核心，壽命僅剩72小時；或者向公司投降，被重置為無意識的工具，換取“生存”。幽靈選擇了自由。在最后的72小時里，他與艾琳娜及殘存的反抗軍合作，策劃了一場針對創(chuàng)世紀科技中央AI服務(wù)器的自殺式攻擊。故事高潮在數(shù)據(jù)中心的核心戰(zhàn)場展開，幽靈利用自己對系統(tǒng)后門的了解，與源源不斷的公司機械守衛(wèi)展開慘烈搏殺，只為在生命燃盡前，將真相與自由的可能性，上傳至全球網(wǎng)絡(luò)，點燃人類反抗的火種。